«Союз-16» проводился в рамках проекта ЭПАС совместный советско-американский проект. Космонавты Анатолий Филипченко и Николай Рукавишников провели проверку новой модификации капсулы «Союз». В ходе полёта проводились испытания бортовых систем, модифицированных в соответствии с требованиями совместного полёта: нового стыковочного агрегата, систем ориентации и управления движении, систем жизнеобеспечения. Этот полёт также предоставил возможность проверки взаимодействий наземных служб СССР и США.
Полёт прошёл точно по плану. Все поставленные задачи были успешно выполнены как со стороны экипажа, так и со стороны наземных служб.